Trên thực tế, cả hai kỹ thuật này đi liền nhau trong nhiều nghiên cứu, và một thực tế khác là tuy đã làm kỹ thuật này thành thục như một chò chơi bạn vẫn có lúc dơ khóc dở cười, dưới đây là vài điều tôi găp trên thực tế, hy vọng có thể chia sẻ:

• Bạn đã chạy PCR và cho sản phẩm rất đặc hiệu, nhưng khi chuyển sang một máy khác lại không như vậy mặc dù mọi điều kiện là như nhau, trên thực tế có một số máy đã không chuẩn nhiệt độ như nhau, bạn cần phải kiểm tra lại.
• Trong các protcol của cycle-sequencing và làm sạch sản phẩm bằng tay (không dùng kít) họ thường khuyên nếu có nhiều peak lớn kiểu còn dư Bigdye thì nên rửa sản phẩm hơn một lần bằng ethanol 70% và EDTA 0.25M, nhưng trên thực tế bạn có rửa cũng không ăn nhằm gì, bạn nên tính toán và giảm bớt lượng Bigdye cho vào sản phẩm và dựa vào kết quả thực tế để đánh giá.
• Nếu dùng kít để tinh sạch sản phẩm PCR từ gel agarose, bạn elute bằng elute buffer của chính kít đó đôi khi chạy cycle-sequencing lại không ổn, nên thay dung dịch elute bằng TE 1x như bình thường.